La faune du Parc a subi des altérations depuis ces dernières décennies, suite à l'action de l'homme (défrichement, pollution, braconnage…), mais ce patrimoine faunistique demeure remarquable. Les cours d'eau concentrent la présence de nombreuses espèces endémiques de macro invertébrés, de reptiles et d'amphibiens.
De même, les rochers et falaises abritent une riche population de rapaces:
- plus de 20 espèces sont recensées, dont l'aigle royal (Aquila chrysaetos).
- 35 espèces de mammifères ont été recensées sur le territoire du Parc, dont le singe magot (Macaca sylvanus) et la loutre, espèce emblématique du Parc.
- Le singe magot est l'espèce la plus visible, plusieurs groupes habitent les massifs forestiers de Tazaout et Talassemtane.
L'étude et la conservation de ce patrimoine naturel exceptionnel font l'objet d'une attention de la part des gestionnaires du parc. Ainsi, un suivi de la faune à partir de relevés terrain portant sur la caractérisation des habitats et le recensement des espèces a été initié en 2005.
Le parc héberge actuellement:
- 33 espèces d'amphibiens et de reptiles,
- 104 espèces d'oiseaux nicheurs,
- 35 espèces de mammifères.
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